股東大會是公司的權力機構。

公司設董事會，對股東大會負責，并行使股東大會授予的權力。董事會設執行委員會，作為董事會日常決策、管理、執行機構；并設風險、交易專門委員會，在董事會授權下開展工作，對董事會負責。

中金所內設部門20個，分別為：辦公室（黨委辦公室）、人力資源部（黨委組織部）、黨務工作部（黨委宣傳部）、紀檢辦公室、財務部、審計部、法律事務部、期貨衍生品一部、期貨衍生品二部、期貨衍生品三部、場外業務部、交易部、結算部、期貨市場巡回審理協作部、會員管理部、市場監查部、機構管理部、投資者服務部、信息科技部、研究部。

中金所下屬公司3家，分別為：上海金融期貨信息技術有限公司、中金所數據有限公司、上海唐銀投資發展有限公司。